BERNINPAIMENKOIRIEN IKÄINDEKSI

 #berninpaimenkoirien ikäindeksit  (googleDoc),  päivitettu 12/18

BERNINPAIMENKOIRIEN IKÄINDEKSI

Katariina Mäki

Berninpaimenkoirille lasketaan ikäindeksejä ja niitä päivitetään materiaalin kertymisen mukaan. Materiaali kerätään yhdistyksen SGS-listalle ja luolinsyy/elinikä-listoille ilmoitetuista koirista. Koiran omistajat ovat siis tärkeässä osassa indeksin kehityksessä. Ikäindeksi kuvaa koiran perinnöllistä tasoa eliniän suhteen, ja tuo toivottavasti apua tämän hankalasti jalostettavan ominaisuuden parantamiseen rodussa. Seuraavassa tarkastellaan marraskuussa 2012 tehdyn indeksilaskennan aineistoa ja tuloksia. 

Mikä ikäindeksi?

Ikäindeksit lasketaan BLUP-menetelmällä. BLUP- indeksi on tilastollinen arvio eläimen jalostusarvosta jonkin ominaisuuden suhteen. Indeksissä otetaan huomioon eläimen kaikkien sukulaisten tulokset ja tasoitetaan ympäristötekijöiden vaikutuksia niihin.

Indeksejä lasketaan ominaisuuksille, joihin vaikuttaa monta geeniä ja joissa ympäristön vaikutus koiran ilmiasuun voi olla suuri. Näitä ominaisuuksia kutsutaan monitekijäisiksi, ja niiden periytymistapaa kvantitatiiviseksi tai polygeeniseksi. Tällöin eläimen oma ilmiasu ei kerro jalostusta ajatellen riittävän tarkasti sen geenien laadusta.

Jotta indeksejä voidaan laskea, täytyy ominaisuudesta kerätä aineistoa rutiininomaisesti. Aineiston perusteella on myös löydyttävä riittävästi perinnöllisiä eroja koirien välillä. Indeksilaskentaa aloitettaessa selvitetään mitkä (ympäristö)tekijät vaikuttavat ominaisuuteen. Näistä voidaan huomioida laskennassa ainoastaan sellaiset, joista aineistossa on tallennettua tietoa. Tämän jälkeen lasketaan kuinka paljon ominaisuudessa on perinnöllistä vaihtelua (periytymisaste).

Aineiston rakenne

Berninpaimenkoirien ikäindeksien laskennassa käytetään tietoja yhdistyksen keräämistä koirien kuolinpäivistä ja –syistä. Indeksit lasketaan kahdelle eri aineistolle, ja useimmat koirat saavat siksi myös kaksi indeksiä. Edesmenneet-aineistossa ovat mukana vain edesmenneet koirat. SGS-aineistossa ovat mukana edesmenneiden lisäksi myös still going strong (SGS) –koirat.

Marraskuussa 2012 kertyneessä aineistossa edesmenneitä koiria oli yhteensä 2002. SGS-koiria oli 445, joten kaikkiaan koiria oli 2447. Koirien keskimääräinen elinikä oli koko aineistossa 8,3 v. Kun mukaan otettiin vain edesmenneet, elinikä oli keskimäärin 8,1 v, ja kun mukana olivat vain SGS-koirat, elinikä oli 9,3 v.

Aineiston nuorin koira oli syntynyt 21.3.2012 ja aineiston vanhin 1.5.1959. Aineiston ensimmäinen kuolinpäivä oli 15.9.1968 ja viimeisin 8.10.2012. Jokaiseen indeksien päivitykseen otetaan mukaan päivitetty lista SGS-koirista.

Uroksia aineiston koirista oli 1137, narttuja 1255 (tieto puuttui 55 koiralta). Koirat kuuluivat 1295 eri pentueeseen (sama isä, emä ja syntymäaika; 79:ltä puuttui joko isän tai emän rekisterinumero tai syntymäpäivämäärä joten ne eivät saaneet myöskään pentuenumeroa). Eri isiä aineiston koirilla oli 520 ja eri emiä 895.

Mitkä ympäristötekijät vaikuttavat?

Seuraavat aineistosta löytyvät perinnölliset tai ei-perinnölliset, elinikään vaikuttavat tekijät huomioidaan tällä hetkellä ikäindeksien laskennassa:

• Kuolinsyy
• Maa (koiria on aineistossa Suomen lisäksi muun muassa Sveitsistä ja Saksasta)
• Sukupuoli
• Syntymävuosi
• Kuolinvuosi
• Pentue

Huomioimalla nämä tekijät laskennassa saadaan esimerkiksi urosten ja narttujen sekä eri maissa edesmenneiksi ilmoitettujen koirien indeksit keskenään vertailukelpoisiksi.

Aineistossa olevat kuolinsyyt on luokiteltu indeksilaskentaa varten seuraavasti:

• Vanhuus (83 koiraa)
• Tuki- ja liikuntaelinongelmat (150 koiraa)
• Kasvaimet/immunologiset syyt (512 koiraa)
• Muut sairaudet (lähinnä sisäelinsairaudet) (114 koiraa)
• Luonne (18 koiraa)
• Onnettomuudet (sis. myrkytykset) (62 koiraa)
• Syytä ei ilmoitettu tai muu syy/sairaus tai avoin diagnoosi (249 koiraa)

Kuolinsyytieto puuttuu 1259 koiralta, joten sen vaikutusta koiran elinikään ei myöskään niiden kohdalla pystytä huomioimaan.

Kuinka paljon perinnöllistä vaihtelua?

Arvioimalla ominaisuudelle periytymisaste voidaan selvittää onko ominaisuudessa koirien välillä perinnöllisiä eroja eli ovatko jalostus ja indeksilaskenta ylipäätään mahdollisia. Jos eroja ei ole, periytymisaste on nolla ja jalostus mahdotonta. Se ei kuitenkaan tarkoita, ettei ominaisuus olisi periytyvä. Kaikkien koirien geenimuodot vain ovat samat.

Periytymisaste kertoo kuinka suuri osuus koirien välisistä eroista johtuu suoraan periytyvistä geeneistä. Berninpaimenkoiran eliniän periytymisaste on 11 %, kun mukana laskennassa ovat vain edesmenneet koirat. Kun mukaan otetaan myös SGS-koirat, periytymisaste on 16 %. Kun aineistoa kertyy lisää, periytymisaste saattaa muuttua. Jalostaminen on aina mahdollista, jos periytymisaste on suurempi kuin nolla.

Indeksien standardointi

Indeksit standardoidaan aina siten, että keskiarvoksi tulee sata. Mitä suurempi indeksi, sitä korkeampi jalostusarvo (= koiran geneettinen taso ominaisuudessa). Marraskuun indeksilaskennassa 75 % koirista sai indeksin, joka oli välillä 90 - 110. Tätä paremman tai huonomman indeksin saaneet koirat (kumpiakin on noin 12,5 %) kuuluvat siis vähemmistöön, ja suurin osa koirista sijoittuu keskitason ympärille, kuten polygeenisessä ominaisuudessa yleensäkin.

Rodun keskitasoa laskettaessa vertailujoukkona ovat tähän asti olleet koko aineiston kaikki koirat, mutta seuraavassa päivityksessä otetaan vertailujoukoksi vain 15 viimeisimmän vuoden aikana syntyneet. Jos elinikään vaikuttavien suotuisien geenien osuus rodussa on aikojen kuluessa muuttunut, vertautuvat koirien indeksit paremmin nykyisen kannan tasoon, kun indeksien keskiarvo 100 lasketaan vain nykyisistä koirista.

Indeksin arvosteluvarmuus

BLUP-indeksi on aina vähintään yhtä luotettava ennuste koiran jalostusarvosta kuin oma ilmiasu, koska siihen vaikuttavat myös sukulaisten tulokset, ja lisäksi koirien väliltä tasoitetaan ympäristötekijöiden vaikutuksia. Kun sukulaistuloksia on paljon, indeksistä tulee selvästi luotettavampi kuin pelkästä omasta tuloksesta.

Indeksin luotettavuutta arvioidaan laskemalla jokaisen koiran indeksille arvosteluvarmuus. Luku riippuu ominaisuuden periytymisasteesta ja käytettävissä olevien sukulaistulosten määrästä. Arvosteluvarmuus ei koskaan nouse aivan 100 %:iin, koska kyse on monitekijäisestä ominaisuudesta ja tilastollisesta, todennäköisyyksiin perustuvasta arvioinnista.

Kuinka ikäindeksilistaa luetaan?

Ikäindeksin saavat kaikki edesmenneet, rotuyhdistykselle ilmoitetut koirat, kaikki SGS-koiriksi ilmoitetut, sekä näiden sukutaulussa takanapäin olevat koirat. Indekseistä kuitenkin julkaistaan vain ne, joiden arvosteluvarmuus on tarpeeksi korkea eli vähintään sama kuin koirilla, joilla on olemassa oma elinikä- tai SGS-tieto. Muille koirille voi itse laskea indeksin odotusarvon (isovanhempien tai vanhempien indeksien keskiarvo).

Ikäindeksilistassa ovat kunkin koiran rekisterinumero, nimi, sukupuoli (1 = narttu, 2 = uros), tieto siitä, onko koira edesmennyt vai SGS-koira (1 = edesmennyt, 0 = SGS), elinikä vuosina, elinikä kuukausina, ja näiden perässä indeksi 1 arvosteluvarmuuksineen sekä indeksi 2 arvosteluvarmuuksineen.

Indeksi 1 on laskettu aineistosta, jossa ovat mukana sekä edesmenneet että SGS-koirat sekä niiden takana sukupuussa olevat sukulaiset. Indeksi 2 taas on laskettu aineistosta, jossa ovat vain edesmenneet koirat sukulaisineen, siksi sitä ei kaikilla koirilla ole. Lisäksi vain julkisen tiedon koirille julkaistaan indeksit. Indeksi 1:n julkaisurajana on 40 %:n arvosteluvarmuus. Indeksi 2:n julkaisurajana taas on 33 %:n arvosteluvarmuus. Jos jompikumpi koiran indekseistä ylittää rajan, sille julkaistaan kummatkin indeksit.

Aakkostetussa indeksilistassa ensimmäisenä on Aadam, joka eli 15-vuotiaaksi ja on saanut rodun keskitasoa selvästi paremman indeksin (112). Indeksin perusteella Aadam on periyttänyt selvästi korkeampaa elinikää kuin rodun keskimääräinen eliniän pituus. Arvosteluvarmuus on kummankin indeksin kohdalla selvästi korkeampi kuin vaadittu alaraja, joten Aadamin kohdalla on saatu elinikätietoja myös sen sukulaisista.

Toisena listassa oleva Aapelinraitin Akusti eli 12-vuotiaaksi, ja sai toisessa aineistossa indeksin 105 ja toisessa 111. Kumpikin on rodun keskitasoa korkeampi, joten myös tämän koiran voi odottaa periyttäneen pidempää elinikää kuin rodussa keskimäärin. Arvosteluvarmuus on vielä korkeampi kuin Aadamilla.

Aapelinraitin Anselmiinan kuolinpäivästä ei ole tietoa, mutta yhdistyksellä on tieto, että se on ollut elossa vielä 11-vuotiaana. Tämän sekä sukulaistietojen perusteella koira on saanut indeksikseen 112, sekin selvästi rodun keskitasoa parempi.

Indeksi heittelee?

Koiran indeksi voi muuttua päivityksestä toiseen, jos koiralle tulee lisää tietoa ominaisuudesta (oma tulos, sukulaisten tuloksia). Heilahtelut ovat mahdollisia erityisesti silloin, kun koirasta itsestään ja/tai sen sukulaisista on vielä vähän tietoa ja arvosteluvarmuus on alhainen.

Vanhempien koirien indeksit muuttuvat vähitellen myös, jos rodussa saavutetaan ominaisuuden suhteen jalostuksellista edistymistä. Kun nuoremmat ikäluokat ovat perinnölliseltä tasoltaan vanhempia parempia, vanhempien koirien indeksit laskevat.

Mitä seuraavaksi?

Alhaisen periytymisasteen ja ympäristön suuren vaikutuksen vuoksi ikäindeksin arvosteluvarmuudet ovat melko matalia eivätkä koskaan korkeiksi nousekaan. Kyseessä on kuitenkin ominaisuus, johon voi jalostuksella vaikuttaa, koska periytymisaste on selvästi suurempi kuin nolla. Indeksien varmuutta voi itse kukin parantaa sillä, että muistaa ilmoittaa sekä edesmenneet että SGS-koirat rotuyhdistykselle. Mahdollisuuksien mukaan kannattaa ilmoittaa myös kuolinsyyt tai edes niiden luokka (ks. yllä), koska ne ovat erittäin tärkeä korjaustekijä laskennassa (vrt. onnettomuus – syöpä).

Indeksilaskennan alkutaipaleella on tärkeää, että jokainen "kummallisuus" ilmoitetaan, jotta mahdolliset laskentarutiinin virheet tai vääristävät määrittelyt voidaan korjata. Puuttuuko esimerkiksi ilmoitettuja koiria indeksilistasta?

-päivitetty 01/19